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台灣人權促進會秘書長施逸翔表示，權宜船向來是國際間備受爭議的做法，除了缺乏透明度、監管不易，也經常被發現從事「非法、未通報、未受規範的非法漁業行為（IUU）」，並涉及強迫勞動、人口販運等不法情事。國際勞工組織（ILO）也因此於去(108)年的「海上漁工論壇」提出決議文，呼籲各國停止權宜船的運作模式。
臺灣目前登記報備的權宜船有228艘，實際上恐有更多。宜蘭縣漁工職業工會律師黃昱中指出，政府目前僅能以《投資經營非我國籍漁船管理條例》管理，但因為臺灣非船籍國，主管機關農委會並未能及時掌握漁船資訊；而3月19日起就全面禁止外國人入境，但「遠洋漁船境外僱用外籍船員入境檢疫流程」卻遲滯4月初才公布，且權宜船也不適用此規定。
外籍漁工人權保障聯盟表示，在疫情期間有多達140餘名的權宜船隨船外籍漁工受困高雄旗津港口近1個月。對於想返回母國的外籍漁工，有臺灣仲介業者聲稱，只要他們向移民署自首、自付機票費用，就能以無證移工的方式請求協助遣返；但黃昱中強調，依據國際漁業工作公約（C188）規定，政府必須提供相關措施，這是法規上很大的漏洞。
宜蘭縣漁工職業工會律師黃昱中指出，政府目前僅能以《投資經營非我國籍漁船管理條例》管理，但因為臺灣非船籍國，主管機關農委會並未能及時掌握漁船資訊。（記者袁世鋼／攝影）黃昱中以一般企業投資外國公司為例說明，除了要先經過投審會審議資金來源，也要求若公司違反國際協定、違反《勞基法》有重大勞資爭議未解決、有破壞國家形象的可能時可以不准許。但《投資經營非我國籍漁船管理條例》規定，只要沒有洗魚等非法漁業行為、在臺灣沒有刑事犯罪紀錄就可以投資國外漁業公司，對人權也毫無保障。
台灣國際勞工協會研究員陳秀蓮呼籲，政府在廢除權宜船制度前的過渡期間，至少應先修訂《投資經營非我國籍漁船管理條例》，納入勞動條件的基本要求。（記者袁世鋼／攝影）因此，外籍漁工人權保障聯盟主張，廢除權宜船制度。台灣國際勞工協會研究員陳秀蓮呼籲，政府在廢除權宜船制度前的過渡期間，至少應先修訂《投資經營非我國籍漁船管理條例》，納入勞動條件的基本要求、加強監督與相關規範、增加權宜船的資訊透明、明定廢止經營與投資權宜船的規定，才能發揮遏阻效果。
此外，陳秀蓮強調，政府應檢討漁業署對於我國遠洋漁業開放權宜船及境外聘僱漁工業務管轄的合適性；並提升移民署、海巡署及檢調機關等相關單位對於人口販運的辨識、處理能力。
