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立法院臨時會2日三讀通過《農田水利法》，三讀條文規定，農田水利會於今年10月1日改制後，其資產及負債將由國家概括承受，並納入農田水利事業作業基金，基金的各項收入免徵營業稅，資產在區段徵收或農村社區土地重劃時，不受公有土地無償撥充或抵充規定的限制。
立法院2018年三讀修正通過《農田水利會組織通則》，明定農田水利會於今年10月起改制為公務機關，由政府指派新任會長，不過其中最關鍵的資產轉移及作業基金等條文均保留。
三讀條文明定，農委會辦理農田水利事業及維護營運灌溉管理組織，應設置農田水利事業作業基金，財源包含政府撥款、使用水利設施收費、資產處分、租金利息等。
此外，農田水利會改制後的資產及負債，都將由國家概括承受，並納入農田水利作業基金管理，基金應依各農田水利事業分別設置專戶，且各款收入免徵營業稅。改制後若因地籍整理而發現原屬農田水利會之土地，將由該管直轄市或縣市地政機關逕行登記為國有。
三讀條文明定，未來主管機關得邀集專家學者、地方人士及實際耕作農民組成農田水利事務諮議會，其農民比例不得少於3分之2，且若農田水利事業區域涉及原住民族地區，應由農委會會商中央原住民族主管機關並公告。
根據三讀條文，過去提供農田水利會水利使用的土地，應照舊使用，若屬得無償撥用的國有土地，則由主管機關指定其所屬機關，徵得管理機關同意下，會同辦理管理機關變更登記，並由該指定之所屬機關管理，不得列入農田水利事業作業基金資產。
三讀條文也明定，灌溉專用渠道原則禁止擅自排放非農田排水，具非農田排水之需求者，應檢附計畫書向主管機關申請許可，排放水質也應符合公告灌溉水質基準值，而農田水利事業區域的農田排水，應配合水利法公告之逕流分擔計畫及水利主管機關之防洪規劃，分擔鄰近區域排水。
據農委會說明，農田水利會改制納入公務機關後，除可提升水資源的利用效率外，也可解決過去農田水利會公權力不足、無法即時防制灌溉水質受到汙染的問題。
