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高鐵延伸至屏東案正在綜合規劃階段，據媒體報導，工程界傳出左營案路線涉及道岔，號誌等配置問題，難度較高，未來營運面臨風險較大，一旦軌道的道岔出問題，列車恐卡在基地內，鐵路局有意重啟評估過的高雄案路線。鐵道局長楊正君表示，左營案路線正在技術評估，高雄案部分則無回應。
交通部2019年宣布高鐵延伸屏東路線採左營案，從現行高雄左營站往北，再往東延伸至屏東六塊厝，全長約17.5公里；行政院於2020年12月10日同意辦理綜合規劃，鐵道局2021年辦理綜合規畫及可行性評估，環境部2022年3月30日決議左營案2階環評，但因路線經過高雄仁大石化廠區，引起地方對安全隱憂的爭議。
2023年1月初行政院核定高鐵延伸到屏東修正版本，避開石化廠區，改與高屏二快共用路廊，路線縮短為16.8公里，可望加速工程進度，環境部去年6月完成2階環評的範疇界定，但鐵道局至今未開始2階環評相關調查。
據中央社報導，工程界傳出，左營案避開石化廠區後，因直接穿過高鐵左營基地，與基地內軌道交錯，涉及增設道岔、號誌等配置問題，技術上難度較高，不但安全管制風險升高，未來營運時，一旦來往屏東軌道的道岔出問題，左營站出發的列車恐怕卡在基地內，影響營運，因此鐵道局正重新考慮曾評估過的高雄案。
對此，楊正君表示，目前鐵道局依核定的二快共用路廊方案來進行，正在進行左營案路線的技術評估，評估作業尚無時程表。對於高雄案路線則沒有回應。
台灣高鐵表示，高鐵南延屬國家重大交通政策，由交通部負責規畫研議，台灣高鐵未參與規畫，若交通部需要提供興建及營運經驗，台灣高鐵將分享實務經驗供政府規畫參考；台灣高鐵強調，目前延伸案尚未定案，未來若有具體方案，將進行相關評估。
